L’ouverture de la rivière contribuera à renforcer la biodiversité et à restaurer la continuité écologique entre la mer et la rivière. Un diagnostic faune-flore sera réalisé en 2025 pour s’assurer que les aménagements respectent les espèces présentes sur le site. Une « passe à poissons » sera également installée pour permettre aux anguilles et aux saumons de remonter dans le port et jusqu’à la rivière en amont de la ville. Toutefois, la pente de la galerie du Jarlot, avec son fort débit, risque de gêner la remontée des poissons. Le projet devra donc trouver un équilibre entre une pente suffisante pour évacuer l’eau efficacement et un passage praticable pour les poissons.